La gran importancia de la lucha contra el terrorismo, dentro de la agenda política en los últimos años, ha llevado a muchos gobiernos a pasar por alto los principios básicos de la ley para combatir el terrorismo. Se ha dado seguimiento a estrategias de lucha contra esta "amenaza", que en muchos casos han dado lugar a graves violaciónes de los Derechos Humanos y a considerables restricciones de la libertad individual. El menoscabo a la protección de datos, el incremento de medidas de vigilancia, la restricción de derechos de procedimiento penal, la penalización, junto con carceles secretas, las desapariciones y la aplicación de métodos de tortura constituyen solo algunos de los incrementos de las medidas desproporcionadas y de instrumentos sumamente ineficaces para combatir el terrorismo. La polémica jurídica entorno a la "guerra contra el terror" es un compromiso para la validez del Derecho ante toda circunstancia y para todos. El ECCHR hace pública esta problemática, en nombre de la lucha contra el terrorismo y las violaciónes de los derechos humanos cometidas y usa una variedad de recursos legales para que las personas, los Estados o las organizaciones tengan que responder por sus actos y por las víctimas a través de una compensación adecuada. El trabajo abarca casos complejos, como los secuestros de vuelos de la CIA o la inclusión de numerosas personas en varias listas "terroristas".