Am 12. Dezember 2005 wurde beim Generalbundesanwalt im Namen der Menschenrechtsorganisation Human Rights Watch und acht usbekischer Bürger Strafanzeige unter anderem gegen den früheren usbekischen Innenminister Zakir Almatow und den usbekischen Geheimdienstchef Rustan Inojatow wegen Folter und Verbrechen gegen die Menschlichkeit im Sinne des deutschen Völkerstrafgesetzbuches erstattet. Gegenstand der Anzeige sind - basierend auf detaillierte Zeugenaussagen - konkrete Foltervorwürfe sowie die Verübung des Massakers in der ostusbekischen Stadt Andischan vom 13. Mai 2005 gegen Almatow und elf weitere leitende Mitglieder des usbekischen Staatssicherheitsapparats. Aktueller Anlass der Erstattung der Anzeige gegen Almatow war dessen Aufenthalt im Dezember 2005 in Deutschland, wo er sich einer Krebsbehandlung in einer Spezialklinik in Hannover unterziehen wollte. Offenbar als Reaktion auf die Strafanzeige reiste er plötzlich ab.

Generalbundesanwalt Kay Nehm lehnte es im Frühjahr 2006 ab, gegen Zakir Almatow wegen Verbrechen gegen die Menschlichkeit zu ermitteln. Auch beim Deutschland-Besuch Inojatows im November 2006 sah die Bundesanwaltschaft keine Möglichkeit zum Eingreifen und begründete dies damit, dass sich nach § 20 Gerichtsverfassungsgesetz die deutsche Gerichtsbarkeit nicht auf Repräsentanten anderer Staaten und deren Begleitung erstreckt, die sich auf amtliche Einladung der Bundesrepublik Deutschland aufhalten. Bisher steht nicht fest, welche Stelle den Geheimdienstchef zu welchem Zweck eingeladen hat. Inojatow gilt als einer der Hauptverantwortlichen für das Massaker von Andischan, das bis heute von keiner unabhängigen Kommission untersucht wurde.